Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyyah (PGMI) STAI KH. Zainuddin PP. Mojosari memiliki khas prodi yang akan membangun tenaga pendidik berkompetensi unggulan lulusan PGMI, yaitu guru professional yang terbaik dalam pembelajaran Tematik.

Diharapkan dengan diselenggarakan Program Studi PGMI, dapat memahami karakter anak MI agar proses pembelajaran berjalan dengan yang diharapkan. Bukan hanya memahami karakter anak MI saja, tetapi juga diharapkan dapat mencegah serta mengatasi masalah-masalah yang timbul pada proses pembelajaran di MI.

Prodi PGMI di STAI KH. Zainuddin sangat prospektif ke depan sebagai jenjang pilihan lanjutan bagi para pelajar Sekolah Menengah Atas atau sederajat yang berorientasi pada Tenaga Pendidik, Asisten Peneliti Pendidikan Dasar, bahkan juga Edupreuneur.